国家国防科技工业局的主要职能：

　　研究拟订国防科技工业和军转民发展的方针、政策和法律、法规；制定国防科技工业及行业管理规章；

　　组织国防科技工业的结构、布局、能力的优化调整工作；组织军工企事业单位实施战略性重组；

　　研究制定国防科技工业的研发、生产、固定资产投资及外资利用的年度计划；

　　组织协调国防科技工业的研发、生产与建设，以确保军备供应的需求；

　　拟订核、航天、航空、船舶、兵器工业的生产和技术政策、发展规划、实施行业管理；

　　负责组织管理国防科技工业的对外交流与国际合作；

　　以中国国家原子能机构（CAEA）的名义组织协调政府和国际组织间原子能方面的交流与合作；

　　以中国国家航天局（CNSA）的名义组织协调政府和国际组织间航天活动方面的交流与合作。

　　根据主要职能，国防科技工业局内设17个职能机构（司、局）：

　　（一）办公厅

　　组织协调机关的政务工作；负责国防科技工业局新闻宣传、出版工作的行政管理；组织起草重要综合性文件。

　　（二）政策法规司

　　研究拟定国防科技工业发展和军转民的方针、政策；制定行政规章；指导军工行业的法制建设。

　　（三）体制改革司

　　组织研究和实施国防科技工业体制改革；组织国防科技工业的结构、布局、能力调整工作。

　　（四）综合计划司

　　组织编制行业发展规划和计划；安排相关投资项目。

　　（五）经济协调司（民口配套办公室）

　　组织科研生产资格审查和许可；指导军转民科技开发和技术改造工作。

　　（六）财务司

　　编制各项费用的年度预算、决算；负责国有资产管理、财务监督。

　　（七）科技与质量司

　　组织科研成果、专利的保护和推广；制定质量、计量标准和安全、技术规范并监督检查；组织质量保证体系认证。

　　（八）系统工程一司（国家航天局）

　　组织实施航天工业军转民发展规划和重大民品项目；指导军工电子的行业管理。

　　（九）系统工程二司（国家原子能机构、国家核事故应急办公室、核电办公室）

　　组织核电建设；组织实施核、兵器工业军转民发展规划和重大民品项目；承办国家核事故应急协调委员会的日常工作。

　　（十）系统工程三司（船舶行业管理办公室）

　　组织实施航空、船舶工业军转民发展规划和重大民品项目。

　　（十一）安全生产监督管理局（民爆器材监督管理局）

　　承担重点企事业单位安全生产的监督管理；负责民用爆破器材生产、流通的行业管理；负责民用爆破器材生产、经销的安全生产监督管理和产品质量的监督管理；负责民爆器材行政许可项目的审批。

　　（十二）安全保密局

　　组织管理国防科技工业保密工作，指导协调国防科技工业的国家安全、保卫工作。

　　（十三）国际合作司

　　组织管理对外交流与国际合作。

　　（十四）人事教育司

　　组织人才教育、培训和交流；归口管理社会团体。

　　（十五）机关党委

　　负责机关和在京直属单位的党群工作。

　　（十六）离退休干部局

　　负责机关离退休干部的管理工作；对直属单位和军工集团公司离退休干部工作进行指导。

　　（十七）机关服务中心（机关服务局）

　　负责国防科技工业局相关办公条件保障和后勤服务工作。